一本有種子，第八識處，為無始法爾，有生一切有漏無漏有為法之功能，是為本有種子。二新熏種子，種子由現行之前七識，隨所應而色心萬差之種種習氣，皆悉落在第八識中，更成生果之功能，謂之新熏種子。亦曰始起種子。唯識論二曰：「種子各有二類：一者本有，謂無始來，異熟識中法爾而有，生蘊界處功能差別，（中略）此即名為本性住種。二者始起，謂無始來，數數現行熏習而有，（中略）此即名為習所成種。」
v. 二種子.
一二類種子 即本有種子與新薰種子。(1)無始以來，異熟識中法爾而有，有生一切有漏、無漏有為法之功能，稱為本有種子。(2)種子由現行之前七識，隨所應而色心萬差之種種習氣，悉皆落於第八識中，更成生果之功能，稱為新薰種子，又作始起種子。〔成唯識論卷二〕p366
二類種子總目錄 唯識宗立論，第八阿賴耶識儲藏萬法種子，此種子依性質說，分為有漏種子和無漏種子二類。一者有漏種子，這是能產生世間現象的種子，亦即三界六趣受生死的種子。此中又有名言種子、我執種子、 有支種子之分。二是無漏種子，這是能生菩提之因的種子，亦即入見道位乃至阿羅漢、佛果位的出世種子。無漏種子又分為生空無漏種子、法空無漏種子、二空無漏種子。《成唯識論》卷二曰：「諸種子者，謂異熟識所持一切有漏法種，此識性攝，故是所緣。無漏種子雖然依附此識，而非此識性攝，故非所緣。」這是說，一切有漏種子為第八阿賴耶識之識體所攝持，且為第八識見分所緣，故稱「故是所緣」；而無漏種子雖然也依附於阿賴耶識，但並不是阿賴耶識的識性所攝，故不是此識所緣。無漏種子是能生菩提之因的種子，此有三種，一者生空無漏種子，即我空無漏，此屬見道位無漏種子。二者法空無漏，此屬修道位無漏種子。三者二空（我空、法空）無漏種子，此為無學道無漏種子。 無漏種子依於異熟識之自體分，而非異熟識性所攝持。以無漏種其性唯善，不是無記性，故不與異熟識之體性相順，體性既不相順，故此無漏種子與異熟識體性不可相即。無漏種子依於異熟識之自體分，以非異熟識所攝持，亦不為異熟識之見分所緣。有漏種子即生起諸種現象，三界六趣受生死的種子。此有三種，一者名言種子，二者我執種子，三者有支種子。種子又名習氣，即是現行熏習的氣分。《瑜伽師地論》卷五十二曰：「云何略說安立種子？謂於阿賴耶識中，一切諸法遍計自性妄執習氣，是名安立種子。」