本尊三昧品所說，字印形之本尊各立二種。字之二種者：一觀字義，阿字是菩提心，故即向阿字觀自性清淨之菩提心也。二唱阿之聲，唱之如鈴鐸等之不絕也，又以此聲調出入之息也。印形之二種者：一有形，形是青黃赤白等色，方圓三角等形，屈伸坐立及所住處之類也。印謂所執之印，即刀輪羂索金剛杵之類也，初心者先於心外觀畫尊等，故名有形。二無形，後漸淳熟，又以加持力故，自然而現，與心相應，以爾時此本尊但現於心，於心外無緣，故名無形。竊謂或初得世三昧，見其本尊如是形，如是色，如是住處，如是坐立，如是曼荼羅中持如是印等，尚是有相，故名有形。後轉真言，宛然直見，如鏡像等不思而見，故名無形。本尊形之二種者，一非清淨，彼行者初因有相而引入無相，先觀圓明之佛菩薩印身，其初不見，故畫像等而觀之，漸則法力所加，漸得明了，而尚有所障，閉目則見之，開目則不見之，又漸次而開目閉目，皆得明見，漸漸不加作意而亦見之，乃至觸於身亦無有妨，猶如日對世人等然，依此有相漸引人於清淨處。以有相之故，名為非淨。此由三摩呬多（定之別名）等所引。故住於清淨處，寂然無相，名為清淨。淨是果，非淨是因，非淨謂形色印相之類也，依此非淨而引生淨，由無常之因而至於常果也。見大日經疏二十。秘藏記本曰：「我本來自性清淨心，於世間出世間最勝最尊，故曰本尊。又已成佛本來自性清淨理，於世間出世間最勝尊，故曰本尊。」
一二種本尊 本尊者，本有而於出世間為最勝最尊者。大日經本尊三昧品以本尊之字、印、形三者，各立為二。(1)字之二種：①觀字義，阿字是菩提心，故即向阿字觀自性清淨之菩提心。②唱阿之聲，唱之如鈴鐸之不絕，以此聲調出入之息。 (2)印形之二種：①有形，形者，青黃等色、方圓等形、屈伸坐立之類。印者，所執之印，如金剛杵之類。即初心者先於心外觀有形之畫尊，藉此以漸入無形。②無形，後漸淳熟，又以加持力故，本尊自然顯現於心，與心相應，而於心外無緣。 (3)本尊形之二種：①非清淨，即初心者初觀有相之尊，藉此而漸入無相清淨處，然以本尊為有相故，稱為非清淨。②清淨，即由有相進入無相清淨處，而寂然無相，是為清淨。〔大日經疏卷二十〕p330